Journal Club

研究拠点メンバーを中心に,隔週で注目すべき論文の紹介・解説を行う.

  • 発表概要を指定の様式に記入して,発表3日前までにe-mailで拠点事務室(島田)宛に送ってください.

場所:先端科学総合研究棟402-S(4)
開始時間:15:00

Schedule

2016年
第29回 11月11日(金)
 菅原 武志
 Experimental/theoretical approach for chromosome conformation changes in response to an internal chemical cue  abstract
 難波 利典
 Stable Caenorhabditis elegans chromatin domains separate broadly expressed and developmentally regulated genes  abstract

第28回 11月5日(金)
 中川 正基
 Polymer physics of chromosome large-scale 3D organization  abstract
 加治木 泰範
 Engineered ascorbate peroxidase (APEX)-mediated proteomic mapping and fingerprinting  abstract

第27回 10月28日(金)
 冨樫 祐一
 Conformational Sampling Methods for Macromolecules and Recent Advances  abstract
 新海 創也
 Three-dimensional chromatin structure generated by the IMP combined with 5C data  abstract

第26回 6月17日(金)
 加治木 泰範
 Super-resolution imaging reveals distinct chromatin folding for different epigenetic states  abstract

第25回 6月10日(金)
 難波 利典
 Large scale chromosome folding is stable against local changes in chromatin structure  abstract
 栃尾 尚哉
 CTCF: making the right connections  abstract

第24回 6月3日(金)
 菅原 武志
 Droplet organization of membrane-less organelles:nucleolus sub-compartment formation driven by liquid phase separation  abstract
 堀越 保則
 Updated analytical approaches for multisubunit protein complexes  abstract

第23回 5月27日(金)
 Holger Flechsig
 Journal Club on ‘Nanoscale rotary apparatus from tight-fitting 3D DNA components’[3]  abstract
 中川 正基
 Delay chemical master equation: direct and closed-form solutions  abstract

第22回 5月6日(金)
 冨樫 祐一
 Protein-DNA Interactions and DNA Conformation: Simplified Modeling Studies  abstract
 新海 創也
 A simple biophysical model emulates budding yeast chromosome condensation  abstract

2015年
第21回 7月10日(金)
 難波 利典
 An Example of 3D Single-particle tracking in live Bacteria  abstract

第20回 7月3日(金)
 加治木 泰範
 Fluorescence Imaging of siRNA Delivery by PNA-based Probe  abstract
 上脇 隼一
 Time-resolved FRET imaging of protein-protein interactions in living cells  abstract

第19回 6月12日(金)
 落合 博
 Spatial genome organization: contrasting views from chromosome conformation capture and fluorescence in situ hybridization  abstract

第18回 6月5日(金)
 菅原 武志
 Mammalian Mitotic Chromosome Dynamics Through Mechanical Stress Cycles  abstract

第17回 5月29日(金)
 栃尾 尚哉
 Asymmetric Unwrapping of Nucleosomes under Tension Directed by DNA Local Flexibility  abstract
 新海 創也
 Quantitative analysis of chromatin compaction in living cells using FLIM-FRET  abstract

第16回 5月22日(金)
 中川 正基
 Noise-induced multistability in chemical systems: Discrete versus continuum modeling  abstract
 冨樫 祐一
 Nucleosome-Level Coarse-Grained Modeling and Simulations of Chromatin Structures  abstract

第15回 1月30日(金)
 高見 知秀
 Advances in injection and extraction to/from living cells with nanopipettes  abstract
 上脇 隼一
 In-Cell Fluorescence Activation and Labeling of Proteins Mediated by FRET-Quenched Split Inteins  abstract
 加治木 泰範
 Single-Layered Graphitic-C3N4 Quantum Dots for Two-Photon Fluorescence Imaging of Cellular Nucleus  abstract

第14回 1月23日(金)
 栃尾 尚哉
 Repeat 1 of TAL effectors affects target specificity for the base at position zero.  abstract
 落合 博
 3D imaging of Sox2 enhancer clusters in embryonic stem cells  abstract
 堀越 保則
 Nuclear organization, chromatin structure and DNA double-strand breaks repair  abstract

第13回 1月16日(金)
 冨樫 祐一
 Histone Modification – Cause or Consequence?  abstract
 菅原 武志
 The Bacterial Cytoplasm Has Glass-like Properties and Is Fluidized by Metabolic Activity  abstract
 新海 創也
 Microrheology measurements can diagnose the state of cell:Probing the stochastic, motor-driven properties of the cytoplasm using force spectrum microscopy  abstract

2014年
第12回 5月16日(金)
 堀越 保則
 Evaluating colocalization in super-resolution microscopy  abstract
 加治木 泰範
 Inhibition of histone binding by supramolecular hosts  abstract

第11回 5月2日(金)
 落合 博
 Linking stochastic fluctuations in chromatin structure and gene expression  abstract
 菅原 武志
 Bacterial chromosome organization and dynamics during cell cycle  abstract

第10回 4月25日(金)
 栃尾 尚哉
 Revisiting the TALE repeat  abstract
 上脇 隼一
 Enhanced chromatin dynamics by FACT promotes transcriptional restart after UV-induced DNA damage  abstract

第9回 4月18日(金)
 冨樫 祐一
 Steered molecular dynamics simulations of nucleosomos  abstract
 新海 創也
 Chromosome positioning of activity-based chromatin model  abstract

2013年
第8回 12月6日(金)
 落合 博
 Chromosomal contact permits transcription between coregulated genes  abstract

第7回 11月8日(金)
 堀越 保則
 Capturing binding location and speed of chromatin binding proteins  abstract
 菅原 武志
 Systematic characterization of the conformation and dynamics of budding yeast chromosome XII  abstract

第6回 11月1日(金)
 栃尾 尚哉
 Molecular dynamics simulations of DNA-free and DNA-bound TAL effectors  abstract
 新海 創也
 Fractal structure and kinetics of chromatin  abstract

第5回 7月19日(金)
 李 聖林
 Nuclear architecture of rod photoreceptor cells adapts to vision in mammalian evolution  abstract

第4回 7月5日(金)
 落合 博
 Chromatin interactions in trans are associated with stochastic selection for monoallelic gene activation  abstract

第3回 6月7日(金)
 新海 創也
 Introduction of the FCS analysis and its application to RCC1 binding to chromatin  abstract

第2回 5月24日(金)
 栃尾 尚哉
 Structural features of TALEs  abstract

第1回 5月10日(金)
 菅原 武志
 Genome-wide 3C mapping to reconstitute chromosome structure  abstract