DNA認識モジュール
A-3. 新規タンパク質性DNA認識モジュールの探索
東京大学・谷内江 望
yachiesynbiol.rcast.u-tokyo.ac.jp
技術概要
これまでに実用化されているゲノム編集モジュールはすべからく生物のもつ天然の周期的リピート配列に関連している。
周期的リピート配列を大規模ゲノムリソースから高速探査するソフトウェアを開発、新規ゲノム編集モジュール候補群を得ている。
成果
- ソフトウェアSPADEをパッケージ化
- CRISPR, Zinc finger, TALE、PPR など既存のゲノム編集モジュールをすべて正確に捕捉
- 汎用型で世界標準のCRISPR予測ソフトウェアと同等の精度
- 一般的なリピート配列予測ソフトウェアの精度も上回った
- タンパク質性ゲノム編集モジュール候補として128遺伝子クラスターを得た
概要
国産ゲノム編集モジュール開発のためにゲノム、メタゲノムリソースから新規ゲノム編集ジュール候補遺伝子を配列周期性によって評価し、スクリーニングするソフトウェアを開発
技術の優位性
- 特定のゲノム編集ツールに限らない探索手法
- 大規模ゲノムリソースの高速スクリーニング
実用に向けた課題
- 新規候補の実証実験
提供できる技術
- ソフトウェアパッケージ
補足
これまでに周期的リピート配列自動探査ソフトウェアSPADEをパッケージ化し、7,006微生物全ゲノムを探査することでタンパク質性新規ゲノム編集モジュール候補として見込みのありそうなものを128遺伝子クラスター得た。
さらに、実験自動化システムによる評価実験パイプラインを構築中。